清兵占领西域后，准噶尔下属部落头领时叛时降，使清军损兵折将。乾隆皇帝因此认为其“豺狼成性”[3]，下令将叛乱部落尽行“剿灭”，“永绝根株”。实际上被下令屠杀的只是参与叛乱的部落，如噶勒藏多尔济、巴雅尔、阿巴噶斯、哈丹、沙喇斯等部，以及沦为小股强盗山贼的“玛哈沁”（原意为“吃肉的人”，这里指匪徒，在纪昀《阅微草堂笔记》中有描述）。但清军在“清剿”中，有误杀、滥杀无辜。由于清军中多喀尔喀蒙古人，对入侵喀尔喀的准噶尔人恨之入骨，剿杀不遗馀力[来源请求]。还有已经归附清朝的部落，如沙克都尔曼济，因被大清大臣雅尔哈善怀疑叛乱，亦被清军杀害。清代史学家赵翼这样记述：“时厄鲁特慑我兵威，虽一部有数十百户，莫敢抗者，呼其壮丁出，以次斩戮，寂无一声，骈首就死。妇孺悉驱入内地赏军，多死于途，于是厄鲁特种类尽矣”[4]。没有反叛的部落被编旗，有的还被派到回部作战，但这些人都是在清朝灭亡准噶尔之前就归附的部族。今只有伊犁州昭苏县、塔城地区和蒙古国西部仍有准噶尔残部的末裔。
以俄国历史学家兹拉特金《准噶尔汗国史》、台湾作家柏杨《中国人史纲》[5]为代表的一些著作及文章认为，乾隆皇帝在消灭阿睦尔撒纳后，命令兆惠对准噶尔部落进行了大屠杀，造成准噶尔部落的种族灭绝。兹拉特金的记述为：“所有史料一致指出，大批卫拉特居民被屠杀，这是清军司令部有计划进行的。……切列潘诺夫编年史肯定：在准噶尔‘人、畜全部被杀绝无遗，连俘虏也不放过，只有那些能够逃入俄罗斯边境的人才得了救。’”[6]这种说法可以上溯至清代魏源的《圣武记》[7]：
“王师初入，兵不血刃，矢不再发，而天不许也。王师再入，师则屡次，垒则再因，而天又不许也。几大幸，又几大不幸，一激再激，以致我朝之赫怒，帝怒于上，将帅怒于下，合围掩群，顿天网而大狝之，穷奇浑沌梼杌饕餮之群，天无所诉，地无所容，自作自受，必使无遗育逸种于故地而后已。计数十万户中，先痘死者十之四，继窜入俄罗斯、哈萨克者十之二，卒歼于大兵者十之三，除妇孺充赏外，至今惟来降受屯之厄鲁特若干户，编设佐领昂吉，此外数千里间无瓦剌一毡帐。”
乾隆二十年（1755年）在清准战争之前归附清朝的准噶尔、辉特部落大多被编入八旗。这些提前率众来降者被分散并编入于十八省和热河等地的驻防清军。另有馀部份准噶尔部民被编入八旗察哈尔（或迁徙到漠北等地），被转化为清军的战争工具。
清军灭亡准噶尔之前归顺的各旗：
额鲁特旗、额鲁特贝子旗（前/后旗），附牧于喀尔喀土谢图汗部，后改属赛音诺颜部。
辉特下前旗、辉特下后旗，附牧于杜尔伯特部 (绰罗斯氏)。
阿睦尔撒纳之乱以后准噶尔部人口因清军的种族屠杀而大量灭绝。清朝将其残部改准噶尔之名为整个漠西蒙古的部落名额鲁特，就地安置，驻扎在新疆伊犁、塔尔巴哈台以及科布多的额鲁特虽然在清准战争之后才编设佐领，但他们大多数在此之前已经归顺清朝：
辉特旗，附牧于札萨克图汗部（雍正年叛逃准噶尔，乾隆年重新归降）
八旗所属伊犁额鲁特营[8]，伊犁将军直属
正黄旗、镶黄旗、正白旗、镶白旗、正蓝旗、镶蓝旗、正红旗、镶红旗
塔尔巴哈台额鲁特十苏木（佐领）[9]，塔尔巴哈台参赞大臣直属
左翼：达什达瓦部众归上三旗，位于今昭苏县境内
右翼：其馀流散部众归下五旗，位于今尼勒克县、特克斯县及新源县境内
科布多额鲁特总管旗，科布多参赞大臣直属
一些准噶尔人的残馀前往阿富汗，巴达赫尚，布哈拉，被当地统治者接受服兵役，随后他们的后代皈依伊斯兰教被吸纳入当地突厥民族中。